以高士其的入闽始祖为第一世，传至高士其已是第十二世。

　　高士其的父亲高赞鼎，字迪庵，曾留学日本，喜欢作诗，是前清外务部的官员。母亲何咏阁幼时受到良好的家庭教育，爱读书写诗，写得一手柳体好字。

　　高士其的祖父高清恪，乳名眘，字孝謹。高士其在口述的回忆录中说他的祖父字伯谨，这在其家谱中无记载。其家族第十世诸公之名中间的“清”，和字中间的“孝”是对应的。如其弟三人是：清桢，字孝笃；清勤，字孝勖；清察，字孝威。估计伯谨应当是对他的一种称呼。由于他是长子，称“伯”当在情理中，其他各房的同辈长子都有此号，如伯隅、伯固等。高士其的祖父在前清光绪末年被任命为江苏省嘉定县县知事。他廉洁奉公，两袖清风，是一个有名的清官，为人民做了两件好事，一是灾年免田赋，二是赈灾济民。那时候，正值八国联军攻陷北京，他忧国忧民，感慨万千。

　　高士其的曾祖父高涵和，学名淩汉，又名运铭，字蔼臣。据光绪元年的高氏家谱刻本记载，他名中的“汉”字与其六世祖高汉章相重，犯了讳，所以在“乙亥乡试榜后呈改名涵和”。

　　高士其的八世祖高福康，号菊屏。同治元年（1862年）任云南知县，后为照顾家中老人调任浙江署龙泉县知县。后“借补布政司经历，总办行营粮台，克复玉山，奏准开缺以同知留浙补用，加三级，摄理乐清县知县”。后因生母逝世，回籍。诰授奉直大夫，晋授中议大夫。现在的高士其故居就是高福康当年购置的，系高福康派下房产。后裔便在此居住、生活、繁衍。

　　高士其的七世祖高超，字在鲁。因“家计绌”，先随其叔父做绸缎生意，后自立门户，不仕。

　　高士其的六世祖高国章，先名汉章，字允倬；以孙贵，诰赠中议大夫浙江同知加三级。

　　高士其的五世祖高嵩基，字奕甫，号海岳。自幼家贫，但刻苦读书，是高士其家族中第一位为官者。乾隆壬戌会试以明通榜授晋江教谕，调补寿宁，奉满赴选，补授山东武城县知县，在任三年，克己奉公，兢兢业业。甲午秋服阕署建阳学训导，随后授惠安学教谕之职，病故于任上。

　　高士其的四世祖高可仰，字圣谟，号景斋；三世祖高崇程，字履丰；二世祖高祥云，字文凤。

　　高士其家族的入闽始祖高玉宇，在明朝晚期偕兄弟自山东入闽，先居长乐南乡，随后迁徙到省垣（福州），夫人陈氏。在道光年间六世祖高腾初修的家谱中有一篇其兄高城撰写的“高氏说”，该文记载，本氏由来“谓有四派，余家既无旧谱，不复远溯，非敢忘也不敢诬也。若高氏之望多称渤海，而玉宇公当明季时自山东入闽，墓碑乃书中山。按史乘，汉渤海郡属今河间、天津二府；中山古鲜虞国为今正定府，与山东相距为近。然渤海既属阔疏，中山亦无的据。”可见玉宇公自山东入闽为不争之史实，然而渤海之说，因其“既属阔疏”无法得知具体地点；中山之说也因证据缺乏，而无法确定。高城在文中写道：“余少时窃闻先世居南营，在榕城嵩山之麓，隶闽县之左一坊境，曰中山。”据此，他推断，玉宇公墓碑上所书“中山”是指当时所居住的地方。高城对此十分谨慎，他写道“用是滋惧，谨缀谱略，不敢侈引远征，惟定为中山高氏。”

　　光绪刻本卷三第十九页“存疑”中有一条：“玉宇公或谓从戚少保入闽，未知确据。”通观家谱，均无玉宇公行伍出身之记载。查《辞海》，戚继光生于明嘉靖七年（1528年），于明万历丁亥年（1587年）去世。根据光绪刻本记载，玉宇公生于明万历丁酉年（1597年），那时戚继光已去世10年。可见，称玉宇公是跟随戚继光南下抗倭而入闽的说法实为误传。