學海書院原名文甲書院，「文甲」是艋舺的雅稱。明治四十一年（1908年）以後，本書院出售，改為高氏族人的祖祠「有繼堂」，故後人多稱為高氏宗祠。 道光十六年（1836年），淡水同知婁雲到任，翌年，議定建立書院於草店尾（今貴陽街二段）祖師廟北畔。後來因為涉及訴訟案件，建築工程遲遲不能順利展開。延至道光二十三年，新任淡水同知曹謹，捐出自己的薪俸，繼續完成婁雲未竟之舉。書院建成後，名為「文甲書院」，並兼做大員巡臺時的行臺。
道光二十七年（1847年），閩浙總督劉韻珂巡視臺灣，途經艋舺時，題「學海書院」匾額，於是改稱為學海書院。當時淡水同知曹士桂並親任書院院長，一時文風鼎盛。
同治三年（1864年），大龍峒碩儒陳維英繼任院長，就同知王鏞撥款不足部份進行勸捐，以重修殘破的書院，是年十月興工，次年（1865年）閏五月完工。
日治時期，書院機能消失而歸官有，曾做為日語學校創立事務所，一度改為日本陸軍宿舍。明治四十一年公開標售，由艋舺吳永富得標，但因為風水不錯，經高姓族人商得吳氏轉售，並將第二進講堂改為高氏宗祠，名有繼堂。大正十年（1921年）再次重修，舉人高選鋒撰有楹聯：「職授尚書自昔蜚聲光北宋；位封侯爵於今建祧祀東瀛」，與當年陳維英所撰：「學知不足，教知困；自反自強，古人云功可相長也；海祭於後，河祭先；或原或委，君子曰本其當務之」，在意義上形成強烈對比。
高氏宗祠曾數次翻修，如光緒年間，舉人高選鋒宗親回台主持重修。許多匾額、對聯，皆為他所寫。外埕並有豎旗座一對，此為中舉人的榮耀。又如民國六十三年時，拓寬環河南路，改建了山門和前殿，書院原貌已不復見，而改為宗祠的形式。祠中分三進，供奉神明及歷代祖先，部份學舍則改供住宅。正殿懸匾多幅，中央「高郡渤海」一匾，按有「宋開國侯」匾，兩側樑間，右懸兵部尚書、廣南巡撫：左掛兵部侍郎、都察御係高氏源山東，東漢時，渤海太守高洪，居渤海蓨縣，子孫遂以「渤海」為高氏郡號。高氏祠堂正殿中央，史等匾，表示昔日高家富貴顥赫。
維護古蹟目的在於保存建物，用來彰顯其所代表的文化意義與價值，學海書院已有一百多年的歷史，而在書院功能消失之後，仍能盡力予以維護，對後代頗具教育意義，給後世留下歷史的見證。
附註：柱子＋柱櫍的種類形式如下圓柱＋圓櫍圓柱＋八角形櫍方柱＋方櫍方柱＋圓櫍八角柱＋八角櫍尚有其他搭配方式但較少見。
  
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